我们一贯注重消化疾病学的临床诊治和学术发展。二十多年来，我们所(科)集中人力、物力对危害人民健康最大的消化道恶性肿瘤胃癌及结肠癌、慢性肝炎及其纤维化防治，进行了深入的研究取得了一批可喜的科研成果，有力地促进了消化道肿瘤诊疗水平的提高。注重国际交流，广泛建立联系，促进学科科研工作的发展，是消化所发展的一项重要策略。多年来，我们采取请进来、走出去的方法，与世界多个国家和实验室建立了联系。据统计，至今已派出16人，45次到过15个国家/地区，其中有12人在国外留学且大都学成归国。有33人次出国参加国际会议，他们的论分别在《世界胃肠病大会》，《国际交联物论文》分别在“世界胃肠病大会”，“国际交流大会”等大型国际会议上宣读，产生了良好反应。曾获得世界胃肠病青年学者奖，国际交流大会十佳论文奖等奖励。 研究所还邀请22批、56人来我院讲学，他们当中有4人是获得过诺贝尔奖的知名学者。他们为我们带来了最新的科研信息，有力地推动了我们的科研工作。
        近5年来，在幽门螺杆菌（H.pylori，Hp）及其相关疾病、消化系肿瘤发生机制与维生素的预防和慢性肝病研究等诸方面承担国家自然基金杰青课题、面上项目、973项目和863项目十多项，获得国家科技进步二等奖、上海市科技进步一等奖等多项科技奖项。
        学科的临床特色包括难治性Hp 感染的治疗、Hp感染相关性疾病（活动性胃炎、消化性溃疡等）与酸相关性疾病（胃食管反流病等）治疗、不明原因的消化道出血的诊断与处理、慢性萎缩性胃炎的治疗和胃癌与大肠癌的预防与治疗、脂肪性肝病诊治、自身免疫性肝病的诊治、肝纤维化的无创伤性诊断及肝移植前后的内科处理等。